FDA ने दर्जनों प्रकार की वंशानुगत कैंसर प्रवृत्तियों का पता लगाने वाले पहले ब्लड टेस्ट को मंजूरी दी

 (insideprecisionmedicine.com)
1 पॉइंट द्वारा GN⁺ 2023-10-04 | 1 टिप्पणियां | WhatsApp पर शेयर करें
  • FDA ने Invitae Common Hereditary Cancers Panel को अनुमति दी है, जिससे रक्त के जरिए कैंसर के बढ़े हुए जोखिम से जुड़े 47 genes में DNA variants का आकलन करने का रास्ता खुला
  • यह de novo marketing authorization एक नई regulatory classification बनाता है, और इसी प्रकार के बाद के devices FDA 510(k) premarket process से गुजर सकते हैं
  • FDA ने labeling और performance testing सहित special controls तय किए हैं, और प्रमुख variants की reporting accuracy के लिए high positive और negative agreement requirements लागू हैं
  • prescription test में clinical setting में blood draw के बाद lab में analysis किया जाता है, और variant interpretation के लिए literature, public databases, prediction programs और Invitae की internal curated database का साथ में उपयोग होता है
  • false positive और false negative तथा results को गलत समझना मुख्य risks हैं; खासकर false negative से मरीज जरूरी surveillance या clinical management से चूक सकता है

FDA की मंजूरी और test का scope

  • FDA ने पहला blood test approve किया है, जो cancer से संभावित रूप से जुड़े सैकड़ों hereditary variants की पहचान में मदद कर सकता है
  • Invitae Common Hereditary Cancers Panel blood sample में कुछ cancers के बढ़े हुए risk से जुड़े 47 genes में DNA variants खोजता है
  • एक single test से कई genes का evaluation किया जा सकता है, और इसमें next-generation sequencing (NGS) का उपयोग होता है
  • FDA Center for Devices and Radiological Health के Jeff Shuren का मानना है कि NGS की sensitivity और speed genetic variants के बारे में insights देने में मदद करती है

नई regulatory classification और performance requirements

  • FDA ने इस test को de novo marketing authorization दिया, जिससे नई regulatory classification बनी
  • इसी प्रकार के subsequent devices FDA की 510(k) premarket process के जरिए marketing authorization पा सकते हैं
  • इस De Novo authorization के साथ FDA ने labeling और performance testing requirements को परिभाषित करने वाले special controls तय किए
    • substitutions, insertions/deletions और copy number variants की reporting accuracy validated orthogonal method की तुलना में positive agreement rate ≥99.0% होनी चाहिए
    • इन्हीं items के लिए negative agreement rate ≥99.9% होनी चाहिए

hereditary cancer testing की demand और use gap

  • CDC के अनुसार cancer 100 से अधिक प्रकार का होता है, और अमेरिका में heart disease के बाद मौत का दूसरा प्रमुख कारण है
  • पहचाने गए hereditary cancer variants की संख्या और संबंधित tests लगातार बढ़ रहे हैं
  • लेकिन इन variants के लिए actual testing use में बहुत अधिक वृद्धि नहीं हुई है

care flow और patient response

  • University of Vermont Medical Center की research team ने Invitae के साथ मिलकर advanced cancer patients की early testing की, और pathogenic genetic variant मिलने पर genetic counseling दी
  • ASCO presentation में patients और healthcare providers से simplified testing process पर satisfaction survey किया गया
    • 94% से अधिक patients ने existing care appointment के दौरान test होने को सकारात्मक माना
    • 82% participants ने confidence दिखाया कि वे test results को समझ पाए

prescription test method और variant interpretation

  • Invitae का prescription test doctor’s office जैसी clinical setting में specimen collect करके lab भेजने के तरीके पर आधारित है
  • variants की clinical interpretation के लिए ये evidence उपयोग किए जाते हैं
    • published literature
    • public databases
    • prediction programs
    • Invitae की internal curated variant database
  • variant interpretation criteria professional organizations या accreditation boards द्वारा तय criteria पर आधारित होते हैं

प्रमुख genes और संबंधित conditions

  • test जिन clinically important genes की पहचान करता है, उनमें BRCA1·BRCA2 शामिल हैं, जो hereditary breast and ovarian cancer syndrome से जुड़े हैं
  • Lynch syndrome से जुड़े genes में MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM शामिल हैं
  • CDH1 मुख्य रूप से hereditary diffuse gastric cancer और lobular breast cancer से जुड़ा है
  • STK11 Peutz-Jeghers Syndrome से जुड़ा है

test risks और clinical cautions

  • इस test से जुड़े मुख्य risks false positives, false negatives, और results को गलत समझना हैं
  • false negative result मरीज को गलत reassurance दे सकता है
  • false negative पाने वाले मरीज appropriate surveillance या clinical management से वंचित रह सकते हैं

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1 टिप्पणियां

 
GN⁺ 2023-10-04
Hacker News की राय

  • शानदार खबर। मैंने Invitae टेस्ट करवाया था, जिसकी वजह यह लेख था: https://jakeseliger.com/2023/07/22/i-am-dying-of-squamous-ce...
    मेरी समझ में FDA approval मिलने का मतलब है कि insurance coverage संभव हो जाती है।
    oncology डॉक्टरों से जो सुना है, उसके मुताबिक blood tests अभी cancer profiling के क्षेत्र में लगभग कानून-विहीन इलाका हैं। CARIS https://www.carislifesciences.com/products-and-services/mole... या Guardant360 https://guardanthealth.com/products/tests-for-patients-with-... जैसे blood tests का approve होना insurance के नजरिए से महत्वपूर्ण लगता है।

    • FDA approval तो clinicians द्वारा वास्तविक इस्तेमाल और insurers द्वारा reimbursement के लिए सिर्फ पहला कदम है।
      डॉक्टर से prescription मांगने और insurance reimbursement मिलने तक अभी करीब 2 साल, शायद उससे भी ज्यादा लगने की संभावना है।
      हालांकि अब कानूनी तौर पर product के बारे में प्रचार किया जा सकता है, और सिद्धांत रूप में आप खुद भुगतान करके इसे करवा सकते हैं।
    • FDA clearance और insurance coverage अलग-अलग चीजें हैं। मैं एक छोटे manufacturer को जानता हूं जो 3 साल से ज्यादा समय से cleared product बेच रहा है, लेकिन कोई भी insurer उस product को cover नहीं करता।
      Insurance coverage मूल रूप से manufacturer और insurer के बीच waiting game है। अगर आप पर्याप्त capital के साथ टिके रह सकते हैं और executives के साथ relationships बना सकते हैं, तो coverage मिल सकती है; वरना यह आसान नहीं है।
    • थोड़ा असभ्य दिशा में जा सकता है, लेकिन जानना चाहता हूं कि अभी स्थिति कैसी है। क्या हालात बेहतर हुए हैं?

  • स्पष्ट करने के लिए, यह test cancer risk बढ़ने से जुड़े 47 genes की जांच करता है। Galleri जैसे blood tests के उलट, यह test यह नहीं बताता कि अभी cancer है या नहीं।
    0: https://www.galleri.com/

    • ऐसे blood tests पहले से काफी हैं जो संभावित रूप से बता सकते हैं कि cancer है या नहीं। एक और उदाहरण यह है: https://www.personalgenome.com/products/elio-plasma-resolve
      इनमें समान बात यह है कि ये सब FDA approval वाले नहीं, बल्कि CLIA tests हैं।
      मूल लेख में Invitae test को FDA approval मिला है, और यह कोई छोटी उपलब्धि नहीं है। यह आसान प्रक्रिया नहीं होती और technology की reliability को भी बड़ा बल देती है।
      अगर Grail अपने test के लिए FDA approval ले सकता, तो वह पहले ही ऐसा कर चुका होता।
    • मुझे नहीं पता इनमें से कौन-सी चीज वास्तव में actionable हो सकती है। “अच्छा खाओ, exercise करो, smoking मत करो” के अलावा क्या कोई specific recommendation है, यह जानना चाहता हूं।
      लगता है कि यह बस चिंता ही पैदा कर सकता है।

  • ऐसे tests को लेकर मेरी सबसे बड़ी चिंता यह है कि भविष्य में अपना risk profile जान लेने का health insurance लेने/बनाए रखने की क्षमता या premium पर क्या असर होगा। मैं Netherlands में रहता हूं, इसलिए शायद बड़ी समस्या न हो, लेकिन अमेरिका अलग हो सकता है और भविष्य का पता नहीं।
    इसलिए ऐसे tests कम करवाने या बिल्कुल न करवाने का मन होता है।

    • अमेरिका में 2008 में बनाया गया Genetic Information Nondiscrimination Act है, जो genetic information के आधार पर insurance discrimination को रोकता है। Routine blood tests, या ठीक कहें तो genetic tests, preventive healthcare को अगले स्तर पर ले जा रहे हैं, इसलिए लगता है कि अगले 50 वर्षों में यह एक महत्वपूर्ण benchmark law बनेगा।
      https://www.genome.gov/about-genomics/policy-issues/Genetic-...
    • अमेरिका में यह समस्या नहीं होनी चाहिए। ACA insurers से मांग करता है कि वे pre-existing conditions वाले लोगों को भी cover करें।
      sibling comment में बताए गए GINA का भी इससे संबंध है, लेकिन मुझे नाम ठीक से याद नहीं था।
    • सोच रहा हूं कि क्या ऐसी जानकारी नौकरी पाने को ही रोक सकती है। अगर बाकी शर्तों में दो candidates समान हों, तो कुछ companies शायद ऐसे व्यक्ति को चुनना चाहेंगी जिसके cancer risk बड़े नहीं हैं।
    • अमेरिका में GINA को health insurance के मामले में protection देनी चाहिए, लेकिन यह जरूरी नहीं कि insurance के अन्य forms तक भी फैले।
    • अगर sci-fi जैसा उपयोग सोचें, तो electronic medical records से जानकारी खींचने वाला prognosis, diagnosis और active-learning agent इसे prior probability के रूप में इस्तेमाल कर सकता है।
      कम technical स्तर पर, अगर बड़ा असर डालने वाला tumor-related variant हो, तो व्यक्ति और उसका डॉक्टर कुछ cancers की monitoring या testing को लेकर अधिक सतर्क हो जाते हैं।
      याद रखना चाहिए कि cancer जितना जल्दी पकड़ा जाता है, prognosis उतना ही dramatic तरीके से बेहतर होता है।

  • Invitae high-quality genetic diagnostic tests को commercialize करने और reasonable कीमत पर consumers को सीधे उपलब्ध कराने के मामले में सचमुच अच्छा काम कर रहा है। मैंने इसे prenatal screening के लिए इस्तेमाल किया था; आमतौर पर केवल advanced maternal age pregnancies में insurance-covered होने वाला circulating DNA test उन्होंने reasonable कीमत पर दिया।
    अच्छा होगा अगर insurers ऐसे tests cover करें ताकि Invitae को उसके काम का अधिक उचित reward मिले, लेकिन US healthcare system सचमुच अजीब है।
    ऐसे genetic tests, खासकर pharmacogenomics जैसे क्षेत्रों की एक समस्या यह है कि doctors अभी तक इन्हें clinical practice या workflow में integrate नहीं कर पाए हैं। इसलिए test से actionable information मिलने पर भी कई बार उन्हें समझ नहीं आता कि वास्तव में करना क्या है।

    • Prenatal genetic testing में eugenics के अलावा कौन-से use cases हैं, यह जानना चाहता हूं।

  • IVF के सिलसिले में मैंने Invitae test करवाया था। सच कहूं तो अगर यह संभव है, तो यह check न करना लगभग unethical लगता है कि आपके और partner के बीच ऐसी गंभीर genetic incompatibility तो नहीं है जिसके कारण IVF के जरिए bypass करना पड़े।

  • यह सही है कि आपको मिले हुए cards से ही game खेलना पड़ता है।
    लेकिन अपनी probabilities जानना अच्छा है।
    इससे भी बेहतर वह समय होगा जब हम cancer का इलाज कर पाएंगे और नए cards खींच पाएंगे।

  • FDA घोषणा का सीधा लिंक:
    https://www.fda.gov/news-events/press-announcements/fda-gran...

  • यह वाकई अच्छी बात है, लेकिन क्या ऐसे जीन 23andMe जैसे कम-लागत DNA tests में भी पहचाने नहीं जाते? मेरी समझ में BRCA1 और BRCA2 variants की तो वे निश्चित रूप से जांच करते हैं
    या फिर क्या इस test में कहीं ज़्यादा variants शामिल हैं, यह जानना चाहता/चाहती हूं

    • 23andMe पूरे genome में करीब 10 लाख positions जांचता है और ज्ञात pathogenic variants के साथ correlation का इस्तेमाल करता है। इसके उलट Invitae test संबंधित genes के coding regions और उनके आसपास के कुछ हिस्सों को वास्तव में sequence करके rare[0] mutations detect कर सकता है
      इसके अलावा Invitae यह तय करने में बहुत मेहनत लगाता है कि कौन-से specific variants, और वे variants जो लगभग हर किसी में बहुत अधिक मौजूद होंगे, benign हैं या pathogenic
      Invitae खास तौर पर यह दावा करता रहा है कि कुछ underrepresented groups में 23andMe-शैली का approach कई अहम variants miss कर देगा [1]
      डिस्क्लेमर: मैं Invitae का पूर्व कर्मचारी हूं और अब भी मेरे पास कभी काफी बड़ी रही हिस्सेदारी के shares हैं। सभी विचार निजी हैं।
      [0] मतलब population scale पर rare। अच्छे approximation के तौर पर, हर व्यक्ति के पास किसी specific polymorphism की 0, 1, या 2 copies ही होती हैं
      [1] https://www.biospace.com/article/invitae-challenges-accuracy...
    • 23andMe अपनी technology और reports में क्या शामिल करता है, और वास्तव में operational medical test solution क्या होता है, इनके बीच बड़ा फर्क है। हालांकि 23andMe भी अपने results को medically relevant बताकर promote करता है: https://www.23andme.com/brca/
      कुछ समय तक केवल Myriad ही BRCA1/2 testing कर सकता था, क्योंकि उसके पास असली gene sequences पर patents थे। यह मामला Supreme Court तक गया, और court ने फैसला दिया कि human gene sequences पर patent नहीं लिया जा सकता
    • approach अलग है। 23andMe ने भी इस पर एक छोटा explanation पोस्ट किया है: https://customercare.23andme.com/hc/en-us/articles/202904600...

  • Invitae ने genetic testing को expand करने और ज्यादा accessible बनाने में अच्छा काम किया है, लेकिन उसने जोखिम भरी high-growth strategy अपनाई और economic environment बदलने पर उसकी कीमत चुकाई
    उम्मीद है कि अगर company लंबे समय में अपने मौजूदा रूप में survive न भी करे, तो भी उसकी मेहनत खत्म नहीं होगी

  • Grail का Galleri test blood test के जरिए 40 से ज्यादा तरह के cancers detect करता है, और कुछ को stage 1 जैसे early stage में भी ढूंढ लेता है
    इसकी कीमत करीब 1000 dollars प्रति test है